E-Rechnung im Healthcare-Bereich: Was Gründer jetzt wissen müssen

Seit 1. Januar 2025 gilt im deutschen B2B-Geschäft die E-Rechnungspflicht und die Übergangsfristen laufen nach und nach aus. Für Healthcare-Startups ist die Ausgangslage komplexer als in anderen Branchen, weil steuerfreie Heilbehandlung, klassisches B2B-Geschäft und die Abrechnung mit Kostenträgern häufig im selben Unternehmen zusammenkommen. Wer früh klärt, welche Regeln für das eigene Geschäftsmodell gelten, vermeidet später Rückfragen von Kunden und Finanzamt.

Was ist eine E-Rechnung eigentlich genau?

Eine E-Rechnung ist mehr als ein PDF im Mailanhang. Gemeint ist ein strukturierter Datensatz nach der europäischen Norm EN 16931, den eine Software automatisch auslesen und weiterverarbeiten kann. Papierbeleg, Scan und klassisches PDF gelten seit 2025 dagegen als sonstige Rechnung.

In der Praxis sind zwei Formate verbreitet:

• Die XRechnung als reine XML-Datei, die im Geschäft mit der öffentlichen Verwaltung bereits Standard ist
• Das hybride Format ZUGFeRD ab Version 2.0.1, das die XML-Daten in ein PDF einbettet und dadurch für Mensch und Maschine lesbar bleibt

Welche Fristen gelten und für wen?

Beim Empfang gibt es keine Ausnahmen. Seit dem 1. Januar 2025 muss jedes inländische Unternehmen E-Rechnungen annehmen und verarbeiten können, unabhängig von Größe, Rechtsform und Umsatz. Für den Versand hat der Gesetzgeber dagegen gestaffelte Übergangsregeln vorgesehen.

• Bis Ende 2026 sind Papierrechnungen weiterhin zulässig. Für PDF-Rechnungen ist die Zustimmung des Empfängers erforderlich.
• Ab dem 1. Januar 2027 müssen Unternehmen mit mehr als 800.000 Euro Vorjahresumsatz im B2B-Bereich strukturierte E-Rechnungen versenden.
• Ab dem 1. Januar 2028 gilt die Versandpflicht für alle inländischen B2B-Umsätze.

Hinweis: Die gesetzliche Übergangsfrist schützt nicht vor den Anforderungen des Marktes. Sobald ein Klinikkonzern oder ein Pharmapartner ausschließlich strukturierte Rechnungen akzeptiert, spielt die Schonfrist praktisch keine Rolle mehr. Verbindliche Antworten auf Detailfragen liefert daher auch der laufend aktualisierte Fragen-und-Antworten-Katalog des Bundesfinanzministeriums.

Warum ist die Ausgangslage im Gesundheitswesen so speziell?

Heilbehandlungen sind nach § 4 Nr. 14 UStG umsatzsteuerfrei und für viele steuerfreie Umsätze greift die E-Rechnungspflicht nicht. Entwarnung bedeutet das allerdings selten, denn kaum ein Healthcare-Startup erzielt seine Umsätze ausschließlich mit Heilbehandlung.

Typische Konstellationen, in denen die Pflicht sehr wohl greift:

• SaaS-Lizenzen, Software und Hardware für Praxen, MVZ, Kliniken oder Pflegeeinrichtungen
• Beratung, Schulungen und Serviceverträge für andere Unternehmen
• Kooperationen, Studienleistungen und Datenauswertungen mit Pharma- und MedTech-Partnern
• Steuerpflichtige Nebenleistungen einer Praxis wie Gutachten, Vorträge oder die Vermietung von Geräten

Hinzu kommt der öffentliche Sektor. Universitätskliniken und Behörden nehmen Rechnungen seit Jahren nur noch elektronisch entgegen, in der Regel als XRechnung mit Leitweg-ID. Wer eine Uniklinik als Pilotkunden gewinnt, benötigt das Format also ohnehin.

Beachten Sie: Die E-Rechnung ersetzt nicht die Abrechnung mit den Krankenkassen. Der Datenaustausch mit den Kostenträgern nach SGB V läuft weiter über eigene Verfahren. Beide Bereiche bestehen nebeneinander und sollten in der Buchhaltung klar getrennt bleiben.

Was bedeutet das für Buchhaltung und Prozesse?

Der Empfang ist der einfachere Teil. Eine feste Rechnungsadresse, eine automatische Prüfung der eingehenden Dateien und eine unveränderbare Archivierung des strukturierten Originals gehören zum Pflichtprogramm. Ein Ausdruck genügt nicht, weil die XML-Datei selbst der steuerlich relevante Beleg ist.

Beim Versand lohnt sich ein Blick auf die Stammdaten. Fehlen Steuernummer, Leitweg-ID oder Bestellreferenz, wird die Rechnung technisch abgelehnt und die Zahlung verzögert sich. Für kleine Teams ist Unterstützung durch eine passende Software häufig der pragmatischste Weg, weil Erstellung, Validierung und revisionssichere Ablage in einem Arbeitsschritt zusammenlaufen.

Wie gelingt der Umstieg ohne Reibungsverluste?

Für die Umstellung sollten Sie einige Wochen einplanen. Diese Reihenfolge hat sich bewährt:

1. Rechnungsarten sortieren. Welche Umsätze sind steuerfrei, welche steuerpflichtig und welche gehen an öffentliche Auftraggeber?
2. Systeme prüfen. Kann Ihre Buchhaltungs- oder Praxissoftware XRechnung und ZUGFeRD erzeugen, empfangen und validieren?
3. Kundenstammdaten aktualisieren und bei den wichtigsten Rechnungsempfängern das gewünschte Format abfragen.
4. Testrechnungen mit zwei oder drei Bestandskunden austauschen, bevor die Pflicht greift.
5. Verantwortung klären. Eine Person im Team sollte das Thema führen, auch wenn die Steuerkanzlei unterstützt.

Wer sich ohnehin gerade in der Gründungsphase befindet, plant den Punkt am besten von Beginn an mit ein. Ähnlich wie bei der Grundausstattung der ersten eigenen Praxis zahlt sich eine frühe Planung aus, weil nachträgliche Anpassungen an gewachsenen Prozessen deutlich aufwendiger sind.

Wie wird aus der Pflicht ein Vorteil?

Die E-Rechnung ist in erster Linie eine gesetzliche Vorgabe, sie bringt aber auch viele Vorteile mit sich. Strukturierte Daten lassen sich automatisch prüfen, verbuchen und im Mahnwesen weiterverwenden und das verkürzt die Zeit von der Leistung bis zum Zahlungseingang. Hinzu kommt der Eindruck bei Geschäftspartnern, denn Teams mit sauberen Rechnungsprozessen treten in Ausschreibungen und Klinik-Pilotprojekten professioneller auf. Dass im deutschen Gesundheitsmarkt am Ende oft die Prozesse über den Erfolg entscheiden und nicht allein die Geschäftsidee, zeigen auch die sieben Learnings eines erfahrenen Digital-Health-Gründers. Der passende Zeitpunkt für die Umstellung ist deshalb nicht 2028, sondern das laufende Geschäftsjahr.

Quelle Bild: Vitaly Gariev auf Unsplash